Konon pada jaman dahulu sekitar tahun 1580 masehi ada suatu daerah yang sangat subur bernama alas bun (hutan bun) yang terletak di sebelah selatan wilayah kerajaan. Kemudian beliau memerintahkan rakyatnya untuk membuka alas bun itu menjadi daerah pertanian. Oleh karena tanahnya sangat subur dan cocok untuk pertanian maka banyak diantara rakyat Dalem Gelgel ingin menetap di desa Alas Bun, yang pada saat itu dipimpin langsung oleh I Dewa Agung Mas Wilis putra Raja Blangbangan yang telah lama menjadi putra angkat di kerajaan Gelgel. Di dalam memegang tampuk pemerintahan di desa Alas Bun keadaan ekonomi masyarakatnya menjadi meningkat. Demikian pula segala titah dan petunjuknya ditaati oleh masyarakat.

Setiap mengadakan rapat, kata - kata dari I Dewa Agung Mas Wilis selalu diikuti oleh masyarakat, kata dalam bahasa Bali = bawos (bun), diikuti bahasa Bali = Inutin. Lama kelamaan desa ini disebut Bun-Inutin dan sekarang lasim disebut BUNUTIN.

Tahun 1952 baru ada sekolah yang atapnya terbuat dari ilalang bertempat di kantor desa yang sekarang (Sekolah SR), merupakan swadaya masyarakat. Setelah tamat SR 3 tahun kemudian pindah ke Tamanbali, jumlah muridnya sekitar 50 orang. Dinding sekolah terbuat dari anyaman daun kelapa (klabang).

Tahun 1963 Balai Masyarakat Desa Bunutin menjadi yang terbaik di Bangli,  karena style ada ekor burungnya. Pada saat itu belum ada gedung SD maka balai masyarakat dipinjam untuk sekolah SD, kemudian sekolah tersebut pindah ke SD 3 Bunutin. Tahun 1966 - 1968 pindah ke SD 1 Bunutin, (belum ada gedung dan kekurangan kelas dan meminjam di depan Pura Sangiang).  Pada tahun 1966 kelas 1 selama 2 tahun.

Desa Bunutin merupakan miniatur Klungkung. Pusar Jagat dan Dalem Macepak ada di Desa Bunutin. Sebelum jadi Raja di Klungkung sebelumnya jadi Raja di Bunutin, penduduk Bunutin dibagi 2, setengah ikut Raja dan sebagian di Bunutin (Sejarah Balah Pane).

Dahulu Bunutin dan Tamanbali menjadi satu. Tahun 1960 baru dipisahkan. Pusehnya Tamanbali ada di Bunutin.

Raja memiliki pasraman yang disebut Dukuh Siladri tempat bagi penduduk untuk menempa ilmu (Sejarah Dukuh Selati. Tempek Prayu mengemong Tempek Raja. Tahun 2013 dideklarasikan.